Peter Parker (Tom Holland) está em uma viagem de duas semanas pela Europa, ao lado de seus amigos de colégio, quando é surpreendido pela visita de Nick Fury (Samuel L. Jackson). Precisando de ajuda para enfrentar monstros nomeados como Elementais, Fury o convoca para lutar ao lado de Mysterio (Jake Gyllenhaal), um novo herói que afirma ter vindo de uma Terra paralela. Além da nova ameaça, Peter precisa lidar com a lacuna deixada por Tony Stark, que deixou para si seu óculos pessoal, com acesso a um sistema de inteligência artificial associado à Stark Industries.