Yugi e seus amigos agora estão no Ensino Médio, e refletem sobre suas expectativas e planos para o futuro. Enquanto isso, Seto Kaiba elabora um plano maquiavélico para desenterrar o Millennium Puzzle, levando à desordem e ao caos. Para interromper seu plano, Yugi terá que enfrentar seu antigo rival em um duelo que irá trancender as dimensões.