Yukiteru Amano é um garoto comum, que tem uma vida não muito agitada. É o tipo de pessoa que se exclui da escola e dos amigos e que prefere ficar o dia inteiro mexendo em seu celular. Não que isso seja muito diferente da realidade que vivemos hoje, mas Yukiteru tem um motivo em especial para fazer isso: seu celular é seu diário, e nele descreve tudo que acontece em seu dia-a-dia. Porém o lado “estranho” de Yukiteru não para por aí. O garoto é tão recluso que acaba entrando em um mundo “dentro de seu pensamento”. Ou ao menos era isso que ele pensava, que tudo não passava de um sonho. Um dia, em um desses “sonhos”, Yukiteru acaba sendo convidado para um “jogo” pelo Deus Ex Machina, criatura soberana criada dentro da mente do garoto. Achando que tudo não passava de um delírio, o garoto acorda e percebe que seu celular tinha anotações que não eram dele, que relatavam o futuro! O tal Deus Ex Machina não era um delírio, afinal, e agora Yukiteru é o portador de um diário do futuro (Mirai Nikki) e terá que proteger tal item até a morte. Isso mesmo: caso o celular seja destruído, Yukiteru também será morto.